باکری در عملیات بیت المقدس و آزادی خرمشهر که در اواخر اردیبهشت سال ۱۳۶۱ انجام شد جانشین تیپ ۸ نجف اشرف بود و در کنار شهید احمد کاظمی مشغول فعالیت بود. او در این نبرد نیز نقش مهم و مؤثری ایفا کرد. برادرش حمید باکری هم در این عملیات، فرماندهی دو گردان خط شکن از تیپ ۸ نجف اشرف را بر عهده داشت. روزی قبل از آغاز عملیات با هم و با یک وانت از آبادان به سمت دارخوین میآمدیم. مهدی از شجاعتهای حمید تعریف کرد و نگران آن بود که برادرش که تازه ازدواج کرده بود در این عملیات به شهادت برسد، زیرا او به حمید بسیار از نظر عاطفی علاقمند بود و او را دوست میداشت. گر چه شهادت را برای همه یک فوز عظیم میدانست ولی در سخن خود آن روحیه لطیف خود را در مورد برادرش بر زبان میآورد. خود آقا مهدی در جریان مرحله سوم عملیات بیت المقدس و قبل از رسیدن به خرمشهر، زخمی شد.
پس از عملیات بیت المقدس که او به تهران بازگشته بود در جلسهای که دوستان در منزل آقای «حسن نوربخش» دور هم جمع شده بودند آقا مهدی هم حضور داشت. معمولا در این جلسات، حاضرین به ذکر اخبار و تحلیل رویدادهای روز میپرداختند. در آن ایام ارتش اسرائیل به جنوب لبنان حمله کرده بود و بسمت بیروت در حال پیشروی بود. از آقا مهدی که معمولا در جلسات همیشه ساکت و آرام بود و کمتر حرف میزد و بیشتر میشنید خواسته شد تا ایشان وضعیت جبههها را بیان کند. او در این هنگام جمله معروف حضرت امام خمینی (ره) را بیان کرد که «راه قدس از کربلا میگذرد». آنگاه وظایف و رسالتی را که در قبال لبنان و فلسطین بر دوش داریم و شیوه صحیح و مؤثر دفاع از آنان را بیان کرد. آقای محمدرضا آیتاللهی میگوید در این هنگام از زنده یاد مهندس زین العابدین عطایی که در جلسه حضور داشت و مبهوت به گوشهای خیره شده بود پرسیدم به چه فکر میکنی؟ پاسخ داد در وسط صحبتهای آقا مهدی احساس کردم که خود امام است که دارد سخن میگوید.
